แด่เดิมในสมัยกรุงศรีอยุธยาเข้าใจว่าเป็นวัดหลวง สร้างเมื่อสมัยใดไม่ปรากฏหลักฐาน แต่จากคำบอกเล่ากล่าวว่า เมื่อครั้งสมัยสมเด็จพระเอกาทศรถให้ขุดลัดแม่น้ำอ้อมตั้งแต่ปากคลองบ้านพร้าวผ่านหน้าวัดไก่เตี้ย ในระหว่างที่ทำการขุดคลองลัดอยู่นั้น วัดไก่เตี้ยนี้ได้สร้างมาก่อนแล้ว จึงเชื่อได้ว่าวัดนี้สร้างมาก่อนสมัยสมเด็จพระเอกาทศรถ จากข้อมูลกรมการศาสนาระบุว่าตั้งวัดเมื่อ พ.ศ. 2100 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2115[2]

เดิมมีชื่อว่า วัดดอนไก่เตี้ย เล่ากันว่า พระอรหันต์ไม่ปรากฏชื่อได้ธุดงค์มาถึงสถานที่ตั้งวัดนี้ เป็นป่าไม้ร่มรื่นและไม่ห่างไกลจากหมู่บ้านที่สัญจรไปมา เมื่อท่านได้พักแรมอยู่นั้นได้มีไก่เตี้ยสองตัวมีสีสันสวยงามมากมาปรากฏให้เห็นเป็นอัศจรรย์ ครั้งต่อมาพระเจ้าแผ่นดินในสมัยนั้น พระองค์ได้เป็นผู้อุปถัมภ์ยกขึ้นเป็นวัดหลวง และได้พระราชทานนามว่า "วัดดอนไก่เตี้ย" ตามที่มีไก่สีสันสวยงามปรากฏให้เห็น แต่คำว่า "ดอน" หายไปเมื่อใดไม่ปรากฏ

สำหรับหลักฐานที่เชื่อได้ว่าเป็นพระอารามหลวง เพราะอุโบสถหลังเก่าได้ทำประตูเข้าอุโบสถ 3 ทาง เฉพาะประตูกลางนั้นได้สร้างไว้อย่างวิจิตรพิสดาร เขียนเป็นรูปนารายณ์ลงรักปิดทอง เข้าใจว่าได้สร้างไว้เฉพาะพระเจ้าแผ่นดินจะเสด็จผ่านเท่านั้น ส่วนประตูข้างทั้งสองบานนั้นเพื่อให้ประชาชนได้ใช้ แต่เดิมนั้นทางหลังอุโบสถยังมีพระฉายอีกหนึ่งหลัง ทางขึ้นพระฉายมีบันได 10 กว่าขั้น สร้างด้วยคอนกรีตขึ้นไปถึงข้างบนมียักษ์หินสองตน สูงประมาณ 6 ศอกยืนเฝ้าบันไดสองข้าง ภายในอุโบสถมีภาพจิตรกรรมฝาผนังเป็นรูปพระพุทธเจ้าประทับนั่งอยู่ใต้ต้นศรีมหาโพธิ์ ด้านข้างเป็นรูปสาวกข้างละ 10 กว่าองค์ ด้านบนของหลังคาสร้างไว้คล้ายยอดประสาทมีซุ้มเล็ก ๆ หลายซุ้มแต่ละซุ้มเป็นรูปยักษ์รูปเทวดารูปพระนารายณ์ทุกซุ้ม ด้านหลังของอุโบสถมีพระพุทธรูปปางไสยาสน์หันพระเศียรไปทางทิศตะวันออกยาวประมาณ 10 วา มีรูปสาวปั้นด้วยปูนนั่งพนมมือตั้งแต่พระเศียรถึงปลายพระบาทประมาณ 25 องค์ และบัดนี้ได้พังสลายไปแล้ว

ในสมัยพระครูอรรถสุนทรดำรงตำแหน่งเจ้าอาวาสและเจ้าคณะตำบลสามโคก ท่านได้สร้างอุโบสถหลังใหม่ขึ้น 1 หลัง วิหารหลวงพ่อโสธร หอสวดมนต์ได้สร้างกำแพงแก้วล้อมอุโบสถ และสร้างกุฏิ ต่อมาในสมัยพระครูสมุห์วิเชียร ท่านได้สร้างเจดีย์ขึ้นที่หน้าวัด สร้างกุฏิสงฆ์สองชั้น ศาลาท่าน้ำ ศาลาการเปรียญ[3]